微波干燥殺菌機是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規熱力殺菌比較，能在比較低的溫度和較短的時間獲得所需的消毒殺菌效果。微波的穿透能力比遠紅外線大得多，而且頻率越小，微波的半功率深度越大。微波干燥殺菌機是用微波照射濕坯體，電磁場方向和大小隨時間作周期性變化使坯體內極性水分子隨著交變的高頻電場變化，使分子產生劇烈的轉動，發生摩擦轉化為熱能，達到坯體整體均勻升溫達到干燥殺菌的目的。